一、作用不同 肌球蛋白：对细胞的运动与细胞内物质传输起着重要的作用。

2、肌动蛋白：对于细胞的移动和收缩等有重要作用，在肌肉运动中起重要作用。

二、存在位置不同 肌球蛋白：存在于平滑肌中。

2、肌动蛋白：存在于横纹肌肌原纤维的细丝中，也存在于平滑肌中。

三、结构上不同 肌球蛋白：由一条或两条重链和几条轻链组成；由三个结构域马达域，颈部和尾部构成。

2、肌动蛋白：每个肌动蛋白分子都与三磷酸腺苷 （ATP）或二磷酸腺苷 （ADP）分子结合组成。

参考资料来源：百度百科-肌动蛋白 百度百科-肌球蛋白。

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